Las causas que provocan menopausia precoz en la mujer pueden ser diversas. Una de ellas son las alteraciones a nivel genético en los cromosomas, tal y como ocurre con el Síndrome del X Frágil o el síndrome de Turner. Las mujeres diagnosticadas con alguno de estos síndromes es posible que el cese de su actividad ovárica ocurra antes de lo normal.
Las enfermedades inflamatorias pélvicas (EIP) y las enfermedades autoinmunes también pueden ser motivos de menopausia precoz en la mujer, al igual que ocurre con los tratamientos contra el cáncer. La quimioterapia y la radioterapia pueden causar daños en los ovarios.
Otras causas de la menopausia precoz son las cirugías como la extirpación del ovario o la exposición de manera reiterada a tóxicos como pesticidas, disolventes, etc.
