La asignación se hace de la misma forma que en los centros privados: en base a las características físicas e inmunológicas de la mujer o pareja. La diferencia de hacer un tratamiento de ovodonación en un centro público radica en que el tiempo de espera es mucho mayor, ya que no cuentan con muchas donantes de óvulos.
Precisamente por la escasez de donantes es muy habitual que se exija a los pacientes de ovodonación que consigan una donante de óvulos, pero no para ellos, sino para otra pareja. Así, mediante una donación cruzada, la pareja aporta una donante y recibe los óvulos de la donante que ha aportado otra pareja en su misma situación.
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